Profesor en Hogwarts (1993)

Aunque tras acabar sus estudios entró a formar parte de la primera formación de la Orden del Fénix, Lupin regresó al colegio cómo profesor de Defensa contra las artes oscuras durante el curso de 1994. Muy pronto consiguió el cariño y admiración de la mayoría de sus alumnos, en especial de Harry, al que enseñó el patronus para defenderse de los dementores.

Fue ese mismo año cuando su antiguo amigo Sirius Black -que estaba en la prisión de Azkaban cumpliendo condena por la presunta relación con Voldemort y por asesino en serie- se escapó y la población mágica pensó que quería matar a Harry. Lupin, que creía que realmente Sirius le comunicó a Voldemort el paradero de la familia Potter para que este pudiera matar al pequeño Harry, descubre que no fue así. Quién hizo todo eso fue otro amigo de Lupin: Peter Pettigrew, huido de la justicia y convertido en Scabbers, la rata de Ron. Tras el encuentro en la Casa de los gritos -donde, además, están Harry, Ron y Hermione- y la posterior aclaración, Lupin se convierte en Hombre-lobo al salir la luna llena despues de salir de la Casa de los Gritos y huye al bosque. Finalmente, se retira de su puesto como profesor al pensar que Dumbledore tendría problemas si se sabía que un hombre-lobo daba clases en Hogwarts.